Η Μονή της Νέας Ιερουσαλήμ ιδρύθηκε το 1656 από τον Πατριάρχη Νίκων.
Ο σχεδιασμός του μοναστηριού βασίστηκε στην περίφημη εκκλησία της Αναστάσεως της Ιερουσαλήμ.
Ο Πατριάρχης Νίκων προτίθετο να κατασκευάσει μια σειρά από ιερά προσκυνήματα στο προάστιο Ιστρα της Μόσχας τα οποία θα αντιστοιχούσαν στους ιερούς τόπους της Παλαιστίνης.
Ο Πατριάρχης έζησε για οκτώ χρόνια στο μοναστήρι, αφιερώνοντας όλες του τις δυνάμεις στην κατασκευή του, προκειμένου οι Ρώσοι να έχουν την ευκαιρία να γνωρίσουν από κοντά τα Πάθη του Χριστού, χωρίς να χρειάζεται να κάνουν το μακρύ και δαπανηρό εκείνα τα χρόνια ταξίδι στη Μέση Ανατολή.