Το πρώτο μισό του 13ου αιώνα ο Αυτοκράτορας της Νίκαιας Θεόδωρος ο Α’ Λάσκαρις ίδρυσε την Ιερά Μονή Στροφάδων, αφιερωμένη στο Σωτήρα Χριστό (όπως συνήθιζαν οι βυζαντινοί Αυτοκράτορες).
Σύμφωνα με τον ιστορικό της Ζακύνθου Λ. Ζώη ο Αυτοκράτορας Ιωάννης ο Παλαιολόγος ανεκαίνισε το μοναστήρι γύρω στα 1440 μ.Χ..
Το κτιριακό συγκρότημα έχει μορφή καστρόπυργου, είναι δηλαδή ένα οχυρό μοναστήρι. Το καθολικό της μονής, δηλ. ο κεντρικός Ναός, ο της Θείας Μεταμορφώσεως, βρίσκεται μέσα στον πύργο της Μονής, πράγμα μοναδικό τουλάχιστον σε Ορθόδοξο μοναστήρι. Στο κτιριακό συγκρότημα, απέναντι απο τον πύργο υπάρχει ο Ναϊσκος του Αγίου Γεωργίου, που φιλοξένησε το Σώμα του Αγίου μας ως τάφος Του για λίγα χρόνια. Το 1530 ή το 1538 κατά τον Χιώτη, το μοναστήρι δέχεται επίθεση Σαρακινών, οπότε σφαγιάζονται οι Πατέρες της Μονής.
Το μοναστήρι μετά από αυτή τη συμφορά σιγά – σιγά αρχίζει να αναζωογονείται και ξαναεπανδρώνεται. Ετσι στα 1568 σε κάποια εκκλησία της Ζακύνθου, ο Ζακυνθινός κόντες Δραγανίγος Σιγούρος του Μωκίου γίνεται με την τελετή της κουράς Μοναχός της των Στροφάδων Μονής με το όνομα Δανιήλ (Διονύσιος ονομάστηκε στην σε Αρχιεπίσκοπο χειροτονία Του). Αργότερα γίνεται και Ηγούμενος Αυτής, γύρω στα 1570, σύμφωνα με μαρτυρίες συμβολαίων της εποχής εκείνης. Ως Αρχιεπίσκοπος πρώην Αιγίνης φρόντιζε τα μοναστήρια του ποικιλοτρόπως, έως ότου πραγματοποιήθηκε η επιθυμία Του, να ταφεί στη Μονή Στροφάδων πεθαίνοντας στα 1622 Δεκεμβρίου 17. Υστερα από λίγα χρόνια έγινε η ανακομιδή του Λειψάνου Του και κατά θαυματουργικό τρόπο βρέθηκε το Λείψανό Του άθικτο από τον πανδαμάτορα χρόνο.
Το Λείψανο του Αγίου μας μένει στα Στροφάδια μέχρι την 19η Αυγούστου του 1717, χρονιά κατά την οποία γίνεται μεγάλη επίθεση των Αγαρηνών οι οποίοι σκότωσαν και αιχμαλώτισαν τους μοναχούς. Μόνο δύο κρυμμένοι στο λόγγο γλύτωσαν, πήραν το Λείψανο του Αγίου και το έφεραν στην Ζάκυνθο και από τότε μέχρι σήμερα, ο Αγιος παραμένει στο νησί Του, προστάτης και πολιούχος του, χαρίζοντας την ευλογία Του σε όσους τη ζητούν (Περισσότερα στοιχεία για τον Άγιο Διονύσιο…).
Μαζί όμως με το λείψανο του Αγίου μεταφέρθηκε και η έδρα της Μονής των Στροφάδων στην πόλη της Ζακύνθου, όπου παραμένει μέχρι σήμερα. Η Μονή είχε σημαντική βιβλιοθήκη και ιερά σκεύη μεγάλης αξίας. Τμήματα της βιβλιοθήκης αυτής και των ιερών σκευών βρίσκονται στο μοναστήρι στη Ζάκυνθο αλλά και στη Μαρκιανή βιβλιοθήκη της Βενετίας.
Τα κτίρια της ιστορικής αυτής Μονής υπέστησαν σημαντικότατες ζημιές, κατά το σφοδρό σεισμό (ισχύος 6,6 R) της 18ης Νοεμβρίου 1997.
